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A história se passa em 2008, em Shibuya, e gira em torno de Takumi Nishijou, um estudante do ensino médio da Academia Particular Suimei, e de estranhos eventos que têm ocorrido recentemente na área de Shibuya. Até o momento, dois eventos aconteceram e estão sendo referenciados pela mídia e pelo público em geral como incidentes da Nova Geração. O primeiro, chamado "Mergulho em Grupo", ocorreu em 7 de setembro, quando cinco estudantes do ensino médio saltaram para a morte de uma torre alta. O segundo evento, em 19 de setembro, revelou um homem encontrado morto com um feto de trinta e duas semanas dentro de seu abdômen. A história começa em 28 de setembro, com Takumi conversando com um amigo online chamado Grim. Grim precisa fornecer a Takumi o contexto dos recentes eventos da Nova Geração, já que Takumi não se interessa por notícias locais ou internacionais. Uma pessoa chamada Shōgun entra na sala de bate-papo, mas não diz uma palavra até que Grim saia. Shōgun confronta Takumi e o bombardeia com links de imagens que retratam um assassinato extremamente hediondo. No dia seguinte, enquanto Takumi voltava para casa após passar a tarde em um cybercafé, ele se depara com a mesma cena que havia testemunhado no dia anterior nas fotos de Shōgun. Ele foge da cena do crime gritando, mas não antes de encontrar uma garota de cabelos rosa, coberta de sangue e vestindo o uniforme da Academia Suimei. A partir daí, a história avança com Takumi tentando evitar se envolver com Shōgun e outros eventos da Nova Geração, enquanto é lentamente arrastado para as engrenagens de um esquema muito maior.