O universo digital enfrenta as consequências devastadoras de uma purga em massa. Dez anos após a ativação do temido X-Program, que eliminou quase a totalidade das criaturas digitais e forçou a criação de um novo mundo, o hostil ecossistema antigo precisa ser avaliado. Para essa missão de reconhecimento, o computador central King Drasil envia membros selecionados dos Royal Knights, equipados com o poderoso X-Antibody para garantir sua sobrevivência e evolução em ambientes extremos.
Enquanto os cavaleiros reais exploram as ruínas do passado, uma ameaça ainda maior espreita nas profundezas da Dark Area. Esse setor sombrio, criado pelo maligno GranDracmon, permaneceu intocado pelo processo de eliminação sistemática por estar localizado em uma camada dimensional isolada. A partir desse refúgio, forças das trevas lideradas pelos Seven Great Demon Lords começam a se movimentar, aproveitando-se do caos para iniciar uma contraofensiva violenta contra a ordem estabelecida.
Com a ascensão de Laylamon após passar pela X-Evolution e a subsequente derrota de Examon, o equilíbrio de poder é rompido drasticamente. O terrível Lucemon arquiteta um plano para subjugar os defensores do mundo digital, utilizando o anticorpo especial para aniquilar os cavaleiros restantes. O destino de todas as realidades digitais existentes entra em colapso iminente diante de uma conspiração que visa a destruição total do ecossistema.
