O tecido da realidade e do tempo esconde segredos perigosos que poucos conseguem perceber. Em um cenário escolar aparentemente comum, distorções no contínuo espaço-tempo começam a apagar a própria existência de pessoas, deixando apenas rastros de memórias fragmentadas na mente de indivíduos específicos.
O jovem estudante Soushi Kijou carrega o peso de um distanciamento doloroso de sua amiga de infância e primeiro amor, Seria Orihara. Após um terrível pesadelo premonitório sobre a morte dela, ele desperta para uma realidade ainda mais assustadora: seu melhor amigo, Kazuki Kaidou, está sendo apagado da história, e apenas ele parece notar o fenômeno.
Para desvendar essas anomalias temporais, o protagonista une forças com a veterana Chitose Kusanagi e a peculiar colega de classe Hinami Suzuka. Juntos, eles fundam o Clock Club, iniciando uma investigação psicológica e misteriosa para decifrar as regras por trás dessas viagens no tempo e salvar aqueles que correm o risco de desaparecer para sempre.
