Komi-san wa, Comyushou desu.

É o primeiro dia de Shouko Komi na prestigiada Escola Particular Itan, e ela já alcançou o status de Madonna da escola. Com longos cabelos pretos e uma aparência alta e graciosa, ela captura a atenção de qualquer um que a encontre. Há apenas um problema, no entanto — apesar de sua popularidade, Shouko é péssima em se comunicar com os outros. Hitohito Tadano é um garoto comum do ensino médio. Com seu lema de vida de "leia a situação e certifique-se de ficar longe de problemas", ele rapidamente descobre que sentar ao lado de Shouko o tornou inimigo de todos em sua turma! Um dia, nocauteado por acidente, Hitohito mais tarde acorda com o som do "miau" de Shouko. Ele mente que não ouviu nada, fazendo Shouko fugir. Mas antes que ela possa escapar, Hitohito supõe que Shouko não consegue falar com os outros facilmente — na verdade, ela nunca conseguiu fazer um único amigo. Hitohito decide ajudar Shouko com seu objetivo de fazer cem amigos para que ela possa superar seu transtorno de comunicação.